Se você está tentando remover a partição de dentro do Windows, é muito possível e simples de fazer.
Abra o Gerenciamento de Disco, você pode encontrá-lo clicando com o botão direito em Iniciar no Windows 8/10, ou no painel de controle em 7.
A partir daqui, você verá uma exibição gráfica de todos os discos conectados ao sistema. Encontre a unidade externa, geralmente é o disco 1, pois os computadores começam a contar a 0. Você verá que há algumas partições. Exclua os "desconhecidos" clicando com o botão direito - > excluir. Haverá um aviso sobre as partições possivelmente contendo dados para outro sistema operacional; prosseguir. Você pode então estender qualquer partição legível do Windows para abranger toda a unidade clicando com o botão direito - > ampliar. Se não houver nenhum, simplesmente clique com o botão direito no espaço livre e crie um.