Normalmente eu instalo o Ubuntu com duas partições, uma para '/' para manter o sistema que eu posso facilmente formatar e reinstalar caso um problema surja, e o resto da unidade atribuída a '/ home' para manter minha arquivos e configurações para que eu não perca nada durante uma nova instalação ... Eu recomendaria fazer isso com uma nova instalação depois de fazer o backup de seus arquivos ...