Depende do tema do ícone. Se o tema do ícone continha ícones para cada tipo MIME e aplicativo, eles seriam alterados.
Para confirmar que este é, de fato, o caso, faça o download do Faenza Icon Theme (ele contém quase todos os ícones) e veja se funciona.
Para instalar o Faenza Icon Theme , abra um terminal e execute os seguintes comandos:
sudo add-apt-repository ppa:tiheum/equinox
sudo apt-get update
sudo apt-get install faenza-icon-theme