5Gb seria a capacidade não formatada. No momento em que é formatado, coisas como tabelas de inodes e outras coisas necessárias usam aproximadamente 3-5% da capacidade não formatada nessa unidade de tamanho.
A outra parte do quebra-cabeça é a usual quando as pessoas perguntam "para onde foi meu espaço em disco?" Normalmente, o tamanho da unidade de disco é fornecido com o valor assumido de 1Mb - 1000000 bytes. A maioria dos sistemas operacionais, no entanto, realmente fornece comprimentos reais de bytes para os arquivos, então a matemática significa que um arquivo de 1Mb é realmente 1048576 bytes comendo efetivamente outros 4%
O instalador do wubi permitirá definir muito mais do que 11Gb para o tamanho do disco virtual, mas parece provável que tenha sido limitado a isso pelo espaço livre na partição do Windows.
Uma instalação padrão normal será de quase 4 GB, então parece que você pode ter uma versão reduzida instalada devido ao tamanho pequeno da partição.