A FAQ da TrueCrypt afirma:
Conseguirei montar o meu volume TrueCrypt (contentor) em qualquer computador?
Sim, os volumes TrueCrypt são independentes do sistema operacional. Você poderá montar seu volume TrueCrypt em qualquer computador no qual possa executar o TrueCrypt (veja também a pergunta 'Posso usar o TrueCrypt no Windows se eu não tiver privilégios de administrador?').
Não há nada obviamente especial sobre uma partição do sistema comparado a outros tipos de volume TrueCrypt. Dito isto, eu não fiz isso pessoalmente. Emptor de advertência.