Você sempre pode usar o LiveCD, criar partições no novo disco rígido e copiar cada partição.
outra opção é usar uma ferramenta como ghost e copiar toda a partição.
no final, você precisa executar as ferramentas de inicialização -
no windows - fixmbr e fixboot.
no linux - grub-install e update-grub.
você precisa garantir que tanto o MBR quanto o setor de inicialização de cada partição do SO sejam modificados.
Eu usaria as ferramentas do Windows e as ferramentas do Linux porque prefiro o carregador de inicialização GRUB.
encontrou outra opção - Clonezilla (embora eu não tenha usado):