Eu já tive problemas semelhantes antes. a solução foi pegar um CD de instalação do Windows e inicializar.
escolha o seu idioma e pressione próximo.
clique em "reparar seu computador"
siga as instruções na tela e ele tentará localizar os problemas e repará-los.
Eu tive problemas semelhantes ao configurar inicialização dupla ou expandir minha partição win7. boa sorte!