Você pode fazer várias coisas para ser mais seguro (antes e depois):
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Se você estiver usando nt bootloader (bootloader padrão do Windows), você pode fazer backup do seu mbr usando "dd if = / dev / sdX de = ~ / sdX-mbr.bin bytes = 512 count = 1" quando X é a sua letra da unidade física (não a letra da unidade do Windows). quando você quiser restaurar o mbr, basta alterar os argumentos entre if e of.
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da instalação do Windows, você tem algo como "Modo de recuperação" e a partir daí você pode executar o fixmbr que irá reescrever o nt bootloader em mbr.
em qualquer caso, você pode sempre deixar o GRUB como seu gerenciador de inicialização, ele reconhece as partições do Windows e pode carregar o bootloading (alternar do bootloader do GRUB para o nt).
LEIA MAIS SOBRE BACKUP MBR E FIXMBR PORQUE PODEM SER PERIGOSOS.
você sempre pode tentar fazer essas coisas em uma máquina virtual antes de fazer isso no físico.