Não , isso não se refere a como você usa o Ubuntu, mas sim como você o distribui. Você pode usar sua máquina da maneira que quiser, desde que não comece a vender o Ubuntu, porque não é o seu IP (Propriedade Intelectual).
Isso é tudo o que isso se refere, não é nada para você se preocupar, você pode usar sua máquina para ganho comercial, desde que você não tente vender o Ubuntu.
(Para ser mais preciso, a cláusula não comercial que você cita refere-se às marcas registradas e ao redor do Ubuntu e de seu fabricante Canonical. Como o Ubuntu é distribuído apenas com software livre de código aberto, você é convidado a usar o Ubuntu, remover todas as referências ao seu nome e redistribuir seu software da maneira que preferir - de acordo com suas licenças - incluindo para ganho monetário).