Isso pode ser um sintoma de um bug do kernel desde a 4.4.6, veja aqui que supostamente foi corrigido no kernel Linux 4.8.x, e a correção será no Ubuntu 17.04 (que provavelmente terá o kernel 4.10).
No rastreador de bugs do Fedora, alguém relatou que alterar / adicionar isso em /etc/X11/xorg.conf.d/20-intel.conf
ajuda:
Section "Device"
Identifier "Intel Graphics"
Driver "intel"
Option "AccelMethod" "blt"
Option "TearFree" "true"
EndSection
Não tente, vou esperar por 17.04.
Para mim, isso também acontece depois de mudar para outra conta de usuário e voltar.