Verifique se há atualizações de firmware e driver.
Alguns dias depois, minha colega de trabalho passou pelos mesmos erros em sua máquina sem atualizar ou alterar sua instalação de forma alguma. Depois de reiniciar, cerca de uma hora depois, sua máquina sofreria problemas devido ao SSD ser remontado no modo somente leitura. Este foi exatamente o mesmo problema que eu estava tendo.
Considerando que instalamos a mesma marca de SSD no mesmo dia, decidimos investigar isso como um problema de hardware. Acontece que essa marca específica de SSD foi enviada com um bug de firmware que começa a causar erros de leitura após 3.154 horas de tempo de atividade acumulado. Os erros desaparecem após o reinício, mas reaparecem depois de uma hora, para sempre.
A atualização do firmware do SSD Crucial m4 de 64 GB para a versão 000F resolveu esse problema.