Eu tive o mesmo problema, mas eu tinha um conjunto de ícones preto instalado. Então, tudo que fiz foi mudar meus ícones e pude ver meus aplicativos e tal. Além disso, você ainda deve ser capaz de selecionar aplicativos ou qualquer coisa pressionando ALT + F1 , que irá destacar o gatilho Unity, então digite o aplicativo desejado, use o botão direcional para navegar , e toque duas vezes, depois aperte enter. Isso deve abrir seu aplicativo.
Dica : se você não tiver o MyUnity instalado, sugiro instalá-lo. E, o Ubuntu Tweak é outra ótima ferramenta para ajudá-lo a ajustar as configurações do HUD. Se isso não ajudar, e é um problema na placa de vídeo, você precisará ser avisado por alguém que tenha conhecimento de hardware específico.