Mas a velocidade é constante (e alta) com outros testes? Experimente: wget -O /dev/null http://speedtest.newark.linode.com/100MB-newark.bin
Se forem apenas os repos que são lentos, mude para um espelho diferente. Aqui está uma solução particularmente elegante para escolher automaticamente o melhor espelho em um servidor: Como posso usar o espelho próximo a mim ou escolher um espelho mais rápido?