Então, acho que descobri o que estava errado e como corrigi-lo.
Eu instalei a extensão Unity Webapps (por exemplo, para integrar o Youtube, o Google Docs, etc. na área de trabalho). Eu dei uma olhada nas minhas extensões do Chromium e havia 4 extensões de webapps de unidade instaladas. Eu desabilitei 3 deles, e agora o e-mail pop-up ocorre apenas uma vez!
Se alguém mais tiver esse problema, é exatamente assim que eu corrigi:
No Chromium, vá para Ferramentas> Extensões. Em seguida, certifique-se de que apenas uma (1) extensão do Unity WebApps Chromium esteja ativada.