Excluir o arquivo de bloqueio não é uma boa ideia, está lá por um motivo.
Isso normalmente significa que ainda existe um processo que contém o bloqueio - qualquer um dos synaptic, dpkg, apt-get.
O que você pode fazer é executar ps ax | grep <insert process name>
e tentar matar o que aparecer.
Verifique novamente se estiver morto, se não usar kill -9 <proc name>
Outra solução fácil é simplesmente reiniciar.