Tente desconectar e reconectá-lo ou alternar para um mouse diferente.
Estou tendo o mesmo problema, mas meu mouse não é sem fio. É um simples mouse USB da Dell. A máquina é HP elite 477c, 8 GB de RAM, i5, executando o Ubuntu 12.10. Ele não congelar com a frequência de 60 a 9090 segundos, mas geralmente é o suficiente para agravar e tornar os jogos especialmente difíceis. O teclado USB ainda funciona e os programas parecem responsivos. Minha correção garantida é desconectar o mouse e conectá-lo novamente.
Embora isso não seja uma solução para o problema, mudei para um mouse sem fio há várias horas e ele não está trancado. Insistentemente eu troquei com outro PC aqui rodando o Windows e nem tenho um problema agora.