Você só precisa colocar os pacotes em espera. Veja este excelente post sobre como:
Eu configurei minha Nvidia e está funcionando. Meu compilador CUDA no Ubuntu está funcionando agora.
Agora, eu não quero que o Sotware Center atualize minha nvidia ... como posso forçar o software a não atualizar minha placa Nvidia graphix? Se alguém souber como remover atualizações automáticas do Software Center, informe-nos.
Você só precisa colocar os pacotes em espera. Veja este excelente post sobre como:
Esta página de documentação contém instruções para manter um pacote, tanto na linha de comando quanto no gerenciador de pacotes synaptic (o último é provavelmente mais fácil, desde que o synaptic esteja instalado).
O pacote que você deseja bloquear provavelmente é "nvidia-current".
Não sei como isso irá interagir com uma futura atualização de distribuição. Você pode precisar desmanchar manualmente o pacote antes de fazer isso.