Não vejo que o seu SAMBA ou NFS interfiram entre si de alguma forma. Diferentes protocolos, portas diferentes. E eu usei os dois no mesmo servidor sem problemas.
Mas se a sua máquina estiver em um ambiente de produção e estiver preocupada com a instalação das coisas. Você deve ter uma cópia do seu ambiente de produção, um ambiente de estudo de teste onde você pode testar as coisas. e, em seguida, mova os recursos testados para o seu ambiente de produção.