Tente formatar a partição no Windows e veja se o Ubuntu a lê.
Formatei meu disco inteiro, exceto minha partição do Windows, e fiz duas partições. Um para o Ubuntu e outro para coisas pessoais.
Minha partição do Ubuntu está no ext4 para que o Windows não a reconheça. Mas minha outra partição é NTFS. Mas o Windows também não reconhece isso. Estou executando o 12.04 junto com o Windows 7 Professional.
Tente formatar a partição no Windows e veja se o Ubuntu a lê.