Você pode configurar para chamar
wmctrl -a Okular
globalmente ao pressionar uma tecla, digamos Win-o
e VLC
wmctrl -a VLC
também globalmente ao pressionar outra tecla, digamos Win-v
.
Em seguida, durante a apresentação Você pode invocar a janela que deseja manualmente.
Como chamar um pensamento no Ubuntu é uma questão separada. No Kubuntu há um custom shortcut
.