Mais informações são necessárias sobre o seu hardware. Isso aconteceu comigo também. A velocidade do seu processador também contribui para a velocidade de transferência de arquivos.
Verifique sua RAM e troque de espaço. Antes disso, eu tinha 2GB de RAM. Depois que eu atualizei para 4GB de RAM, copiar arquivos foi mais rápido e suave. Você também precisa ter grande espaço de troca.
Eu transferi o arquivo de 200GB do HDD para o meu Ubuntu 13.04. Quanto maior o arquivo, mais lento ele fica. ATUALIZAR! Apenas minha experiência.