Depois de mexer um pouco, percebi a diferença entre o layout do teclado e os métodos de entrada do teclado. Eu removi o layout de teclado hebraico, removendo assim o indicador de layout do painel. Eu instalei o m17n para o Ibus, e isso me deu a opção de selecionar um método de entrada hebraico. Mudei a ativação do Ibus para Shift + Alt e desabilitei a mesma entrada para todas as aplicações.
Funciona exatamente como Eu quero isso agora. É lamentável que eu tenha feito toda essa pesquisa para que uma função tão simples funcione corretamente. O comutador de layout de teclado deve ser corrigido para se comportar de acordo com as preferências. Isso resolverá muitos problemas. Obrigado, Srinivas, por me colocar na direção certa. :)