Eu tenho algo parecido também, só que o Java normalmente se instala na pasta bin
. Eu realmente não acho que haja alguma solução para isso se você instalar via aptitude. Pode ser necessário executar manualmente o executável de instalação e apontar para a pasta e, em seguida, definir a variável $ PATH.
Então eu mantenho minhas bibliotecas e estruturas IDEs (netbeans, eclipse, springsource) e frameworks (grails, apache commons, joda, ect) e repositórios de controle de versão (git, svn, hg) em sua própria pasta na pasta $ HOME. / p>
Observe que o IDE só funcionará se você instalar via download em vez de apt-get.