É semelhante para mim. Há alguns minutos eu atualizei alguns pacotes do Gnome Classic e depois que saí da minha sessão o Unity 3D e o Gnome Classic não funcionaram mais. Mas o Unity 2D e o Gnome Shell funcionaram bem.
Primeiro, achei que os drivers da ATI faliram. Então eu desinstalei mas nada mudou.
Amanhã veremos se há mudanças (via gerenciador de atualização) e se não, eu vou fazer um reset no Unity, espero que isso funcione.
UPDATE:
Resolvido, novamente no Unity 3D.
Os comandos
sudo gconftool --recursive-unset /apps/compiz-1
sudo gconftool --recursive-unset /apps/compizconfig-1
não funcionou para mim. Então a solução foi um unity --reset
.