O Ubuntu reconhece isso como NTFS? Eu gosto de usar o gparted para meu gerenciamento de disco. Eu também uso para ver as propriedades do disco, incluindo o layout da partição, tipo de sistema de arquivos, tamanhos de partições, espaço disponível, etc.
Você também pode tentar excluir e recriar a partição na unidade com o gparted, formatá-la com o Windows e tentar novamente. Se isso ainda falhar, formate-o com o gparted (ele pode formatar o NTFS).