Você pode usar o Disk Usage Analyzer (instalado por padrão no Ubuntu). Para usá-lo basta procurar Disk Usage Analyzer no traço (observe que seus ícones podem ser diferentes)
Em seguida, selecione o disco que você deseja verificar. Você receberá um relatório semelhante a este
Se você estiver usando uma instalação da CLI (ex: um servidor) ou apenas preferir usar o terminal, você pode tentar ncdu
$ sudo apt-get install ncdu
$ ncdu /