A melhor maneira é criar uma partição com o CD do Windows para a unidade C. Mas certifique-se de ter algum espaço não particionado para o Ubuntu. Inicialize a partir do CD do Ubuntu e escolha a opção que diz espaço não utilizado. Isso criará uma inicialização dupla sem perder os dados na sua partição do Windows. Para mais informações, consulte Instalando o Ubuntu Desktop
Se você estiver instalando usando o Wubi, o Wubi criará uma partição virtual. O Wubi permite que você instale e desinstale o Ubuntu a partir de uma área de trabalho do Windows, da mesma forma que um aplicativo do Windows. Ele adicionará uma entrada do Ubuntu ao menu de inicialização do Windows. Para mais informações, consulte o Guia do Wubi