Alguém teve um problema muito parecido com indicator-weather recentemente nos fóruns do Ubuntu e o registro enviado é quase idêntico para o seu. O conselho simples nesse fórum foi tentar completar a atualização com
sudo apt-get -f install
e se isso não funcionou, remova indicator-weather e limpe seus arquivos de configuração com
sudo apt-get purge indicator-weather
e simplesmente execute sudo apt-get update e reinstale-o. Não há outros códigos de erro nos logs que sugiram que correções mais complicadas sejam necessárias e a limpeza dos arquivos de configuração deve resolver o problema como ocorreu no outro fórum.