Instale gnome-tweak-tool de aqui
e vá para Windows ▸ Modo de foco do Windows ▸ Selecione Mouse , veja se isso funciona. No centro de software, ele será listado no aplicativo como Configurações avançadas .
Nos desktops anteriores, eu sempre podia configurar as janelas para ficarem ativas quando o cursor estava na janela e não precisar trazê-las para a frente para ficarem ativas. Não é aparente para mim como fazer isso no desktop do Ubuntu 12.04.