Você pode corrigir isso no Thunderbird diretamente. Vá para Contas > Sincronização e Armazenamento e, na última opção ("Para recuperar espaço em disco ..."), selecione "Não excluir nenhuma mensagem".
Você pode substituir isso por pasta, alterando o valor "Configurações de retenção" (clique com o botão direito do mouse em propriedades da pasta >).