Provavelmente você tem seu cliente torrent configurado para ocupar toda a sua conexão, você precisa reduzir o número de downloads simultâneos ou reduzir o número de conexões por download.
Se você estiver usando Transição (o padrão em 12.04), as opções que você está procurando são:
Downloads ativos máximos
Esteéonúmerodearquivossimultâneosquevocêestábaixando
Máximodeparesnogeral
Número máximo de conexões para outros usuários disponíveis para todos os seus arquivos de download
Uma boa idéia é começar pequeno, reduzir todos os 10% do que você tem no momento e aumentá-los a cada 5 minutos e verificar se a velocidade do navegador é aceitável.