Isso pode ser trivial
Para ter certeza, instale novamente o gnome-shell a partir de um terminal:
% bl0ck_qu0te%Faça o logout da sua sessão ou reinicie o seu computador. Agora, selecione a sessão do shell do Gnome na tela de login. Caso contrário, ele iniciará sua sessão padrão, que nesse caso pode ser o Gnome clássico. Confira esta imagem para referência.