Você deve ser capaz de forçar a versão para esses pacotes, configurando-os para usar o repositório oficial, um fazendo um clique em cada um deles no menu synaptic e, em seguida, no pacote - > versão de força ...
Depois de configurá-los, sinta-se à vontade para remover repositórios de terceiros e fazer atualizações com segurança.