Isso tem mais a ver com o desenvolvimento geral de aplicativos do que com rapidez. Dê uma olhada na sua pasta pessoal e pressione ctrl + h ou o equivalente para mostrar arquivos ocultos em seu gerenciador de arquivos.
Aplicativos que precisam armazenar userettings fazem isso criando uma pasta oculta (prefixada com um ponto) e gravam os arquivos de configuração lá. Outras coisas como um banco de dados, plugins extras, etc. podem ser colocados aqui também.
Isso tem que ser feito no código em tempo de execução, não durante a instalação. Algo assim deveria ser suficiente:
import os
confdir = os.path.join(os.path.expanduser('~'), '.myapp')
conffile = os.path.join(confdir, 'myapp.conf')
if not os.path.exists(confdir):
os.makedirs(confdir)
with open(conffile, 'w') as f:
f.write('This is the default config')
Dê uma olhada no ConfigParser ou JSON para trabalhar com um formato de configuração.