você pode reinstalar o cron com:
sudo apt-get --reinstall install paquete
reinstalar não exclua seus arquivos conf, mas se você quiser um backup, você precisará dos próximos arquivos e pastas para o sistema do cron:
/etc/crontab
/etc/cron.d/
/etc/cron.daily/
/etc/cron.hourly
/etc/cron.monthly
/etc/cron.weekly
e para o cron do usuário:
/var/spool/cron/