Lamentamos, mas o WME9 ainda não funciona no Wine. Você pode ver as informações sobre isso aqui: link
Eu recomendaria a alteração do sistema operacional para o Windows XP:
Mas isso só terminaria com outro erro por não conseguir instalá-lo. Nos comentários mencionados em winehq dentro dos relatórios de erros, eles dizem sobre ter certeza de que todos os componentes do DirectX estão instalados. Já fiz isso sem sorte. Os problemas ainda parecem estar com o DirectShow e o DirectSound.
Até tentou instalar o Encoder Pro 4 que é a nova versão para ver se funcionou. Instalando o Silverlight funcionou. Instalar o Encoder Pro 4 não.
Então, por enquanto, não há como instalar esses codificadores além de instalar o Virtualbox e instalá-los em um sistema Windows virtual.