Você precisará de um disco de recuperação para sua versão do Windows. Uma vez que você tenha isso, você pode inicializá-lo e clicar na opção "reparo avançado" (se ele não se corrigir). Em 'Advanced Repair' você pode selecionar 'Recovery Console' e emitir os seguintes comandos:
bootrec /fixmbr
bootrec /fixboot
bootrec /rebuildBCD
Isso limpará o MBR, o registro de inicialização da partição e instalará o carregador de inicialização padrão do Windows. Você não poderá inicializar o Ubuntu se você o tiver em sua área de trabalho . Suas unidades USB não serão afetadas e continuarão funcionando conforme o esperado.