Pode ser um par de coisas. Primeiro, a sua sobreposição de LTSP está funcionando corretamente? Outros arquivos são salvos conforme apropriado quando você reinicia? Caso contrário, você precisará colocar sua sobreposição funcionando corretamente no seu servidor e montada no seu cliente. Olhe para fazer um dbkg-reconfigure mythbuntu-diskless-server no seu servidor LTSP.
Se estiver funcionando corretamente, você pode simplesmente ligar simbolicamente os dois arquivos no chroot do cliente?