Isso é muito tarde, mas mais eu suponho de um comentário. Verifique as permissões no system.pa,
Eu segui tudo neste tópico porque tive o mesmo problema
Então um pensamento ocorre. Eu verifiquei as permissões no system.pa e de alguma forma era apenas root. Endereçado que assim não foi apenas raiz e curou-o para todos neste sistema com problemas.
Estranho bit-flip eu fiz 3 reinstalações totais e não limpei contas e nunca consegui resolver o problema. Obrigado por manter este postado, pois foi um comentário feito por alguém que não foi direcionado, mas sim como um presente. "aqui está o meu System.pa, verifique se as permissões estão definidas corretamente."
"Permissões? Eu tenho as permissões system.pa ... so..check. AHA!" O inseto inteiro na sopa estava curado. Obrigado novamente.