Você deve examinar os arquivos de log (tail -f /var/log/kern.log) para ver o que está sendo preenchido rapidamente. Algo pode estar jogando erros e isso faz com que eles cresçam. Se fizer isso, atualize sua pergunta com suas descobertas, talvez outra pessoa possa ajudar a determinar qual é o problema.
Além disso, não há necessidade de girá-los manualmente, eles são rotacionados periodicamente (todos os dias, com os 7 dias anteriores mantidos em um formato compactado, qualquer coisa mais antiga é excluída, exceto para / var / log / messages que gira semanalmente com 4 semanas anteriores mantidas), veja /etc/logrotate.d/rsyslog para a configuração.
Concordo que, se seus arquivos de log estão crescendo sem limites, a melhor coisa a fazer é descobrir o que está causando isso, porque não é normal. Como parâmetro, meu kern.log tem menos de 20 MB e tem informações nos últimos 3 dias (não foi rotacionado porque a tarefa de rotação não foi executada).