Eu definitivamente recomendaria a terceira opção.
Como você disse, a primeira escolha é ruim, já que você está basicamente rodando no Windows. A segunda opção é boa, mas se você pode rodar o Ubuntu em um disco rígido separado, o melhor seria na minha opinião.
Se o Ubuntu for corrompido, não há necessidade de você formatar a unidade ou as partições antes de recuperar seus dados. Se você estiver executando o Windows também, poderá acessar as partições do Linux, desde que não as criptografe (se tiver certeza de que ainda posso, não sei como)
O Windows 7 pode ler nativamente Ext2, 3 e 4. Se você estiver usando uma versão anterior do Windows, você pode baixar e usar o ext2fsd para visualizar as partições do Linux.