Deve haver sempre alguns programas em execução; se nada mais, deve haver top. Geralmente, há mais dependendo de qual ambiente de área de trabalho você está executando.
Mas esse pop-up sempre aparecerá, independentemente do que possa estar ou não em execução. Ele também pede para desligar ou reiniciar. Você poderia criar um atalho que seria imediatamente desligado sem diálogo se quisesse, como um comando como sudo init 0
para desligar ou sudo shutdown now
.