Isso é o que consegui descobrir, embora não seja tão satisfatório quanto obter coordenadas x, y.
Você pode obter uma lista ordenada dos itens do lançador atualmente no painel, depois encontrar seu índice de lançadores na lista e multiplicar pelo tamanho do ícone + algum preenchimento para o painel superior e espaçamento de ícones para fornecer uma coordenada y aproximada.
Veja o código abaixo. Espero que isso ajude qualquer outra pessoa que esteja procurando uma maneira de fazer isso.
from gi.repository import Unity
import gconf
#Get Icon size
LF_ICONSIZE=gconf.client_get_default().get_int('/apps/compiz-1/plugins/unityshell/screen0/options/icon_size')
LF_ICONPADDING=10 # Guesstimate
PANEL_HEIGHT=16 # Guesstimate, will depend on fontsize. Don't know where to get this
#Use unity api to get a list of launcher panel items
lf=Unity.LauncherFavorites.get_default().enumerate_ids()
#Find the position of my .desktop file
#(add 2 for the dash icon and because lists start at 0)
pos=lf.index('nautilus.desktop') + 2
#calculate approximate y coordinate
y = pos * (LF_ICONSIZE + LF_ICONPADDING) + PANEL_HEIGHT