Veja minha resposta para a pergunta de metadados; para remover metadados com um ffmpeg atualizado, você pode simplesmente:
ffmpeg -i input.mp4 -map 0 -map_metadata -1 -c copy output.mp4
Quanto à sua pergunta atual: o avconv nos repositórios do Ubuntu pode produzir H.264, AAC (embora não tenha libfdk_aac, então você terá que contar com o ineficiente codificador interno ffmpeg AAC), o vídeo theora e vorbis audio. Eu não sei se ele suporta vídeo VP8, mas se isso acontecer , então os comandos listados naquela pergunta do SU devem funcionar perfeitamente bem.