Nesse caso, talvez você deva criar um LiveCD (já que está sendo avisado que seu pendrive pode ter um problema).
Inicialize a partir do CD (ou DVD, o que você criou) e escolha "Try Ubuntu" quando for dada essa opção. Você vai acabar com um desktop Ubuntu, e se você abrir o Dash (botão superior na barra de tarefas do Unity) e então começar a digitar "gparted" (provavelmente mostrará o ícone para ele antes de você ter digitado mais que "gp" ... "), clique no ícone e o GParted será aberto. Com ele você pode trabalhar com partições: criar, deletar, redimensionar, mover, formatar, etc.
Vai ser interessante ver que partições existem no seu disco rígido, se é apenas uma ou se há algo mais lá. Deixe-nos saber o que o GParted mostra.