Eu sei que a ferramenta synclient é mantida pelas mesmas pessoas que escrevem o driver synaptics como uma forma de manipular o driver diretamente. Eu suponho que o driver embutido esteja usando uma interface mais abstrata.
O problema com o uso das ferramentas de sincronização está persistindo nas alterações que você deseja manter. Isso pode ser feito por algum arquivo em lote que execute comandos na inicialização através da ferramenta synclient ou salve as configurações no seu arquivo Xorg.
Esta página do Arch tem o melhor melhor writeup na ferramenta synaptics que encontrei.