Sim, é claro que você pode, por que você não vê o que é exibido na tela depois que o script foi concluído? Por exemplo:
expect "ssh:/C/remoteWindows/myfolderwithantscript/$"
send "rm a_file.txt"
onde ssh: / C / remoteWindows / myfolderwithantscript / é o texto que você obtém após a conclusão do scipt, em uma máquina linux é algo como isto: / home / alex / Documents $ por exemplo, e então você envia o comando 'rm' para remover o arquivo.
Isto é o que eu faço para enviar um arquivo para um servidor FTP. Eu apenas faço um
expect "sftp>"
e depois prossiga para os próximos passos.