- Você atualizou ou alterou qualquer coisa antes de parar de funcionar?
- Você alterou a partição de inicialização padrão?
O Ubuntu provavelmente estará procurando na partição errada para o kernel.
Vou editar esta resposta enquanto você responde.
EDIT: Esta ótima resposta aqui fornece mais informações sobre o instalador do WUBI. Isso pode ser parte do problema. Geralmente eu não usaria o WUBI para nada além de experimentar o Ubuntu. Tudo dá errado com a partição do Windows ou instalá-lo geralmente pode ter sérios problemas com a instalação do Ubuntu.