A partir do FAQ da Wubi
Como faço para desinstalar manualmente o Wubi?
Remover C: \ ubuntu e C: \ wubildr *
No Windows XP, você precisa editar C: \ boot.ini e excluir a linha Ubuntu / Wubi. Alternativamente, você pode modificar o menu de inicialização através do Painel de Controle > Sistema > Avançado > Inicialização e Recuperação e pressionando "Editar". Para o Windows 98, você precisa editar C: \ config.sys e remover o bloco Wubi. Para o Windows Vista / 7, você pode usar o comando bcdedit embutido ou instalar o EasyBCD para editar o menu de inicialização. Para usar o bcdedit, execute cmd.exe como administrador e, em seguida, insira bcdedit para mostrar todas as entradas de inicialização, observe o {GUID} especificado para a entrada do Ubuntu e remova-o: bcdedit / delete {GUID}
Para remover o Wubi da lista de adicionar / remover, exclua a chave do Registro: HKLM \ Software \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Uninstall \ Wubi
Um método fácil de remover essa chave do Registro é colar o seguinte texto em um editor simples como o Bloco de Notas, fechar e salvar o arquivo como algo como removeWubiKey.reg (você pode querer ir para Opções de Pasta > Exibir e desativar a opção "Ocultar extensões de arquivo para tipos de arquivo conhecidos" para verificar se a extensão .reg foi aplicada corretamente. Em seguida, você pode executar o restante automaticamente abrindo o arquivo da maneira normal do Windows ou escolhendo a opção "Mesclar" no menu de contexto do botão direito. Nota: A formatação é bastante rigorosa, portanto copie o texto exatamente para obter melhores resultados. Talvez seja necessário fazer login como administrador para excluir a chave, dependendo da versão do Windows que você está usando. O Controle de Conta de Usuário no Vista também pode pedir permissão, da maneira típica.
REGEDIT4
[- HKLM \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Desinstalar \ Wubi]
Após excluir a chave do registro, o Ubuntu ainda pode aparecer na lista de programas. Se este for o caso, você pode ser perguntado se deseja remover o item da lista.