Eu acho que você está no caminho certo com a edição do arquivo xorg.conf que você postou não muito tempo depois deste. Eu suspeito que a razão pela qual você não teve esse problema no 10.10 foi enraizada em como as auto-configurações do Xorg. O xorg.conf agora só é realmente necessário se você tiver circunstâncias especiais como um monitor quebrado. : -)